实验目的:了解掌握检测DNA 质量的方法以及DNA定量的方法;了解影响DNA在琼脂糖凝胶中泳动速率的因素;训练DNA的琼脂糖凝胶电泳操作及DNA的限制性内切酶操作。
实验原理:参见系列一中实验二;限制性内切酶的特点:见“基因操作原理”。
实验材料及试剂:水稻总DNA或BAC克隆DNA,琼脂糖,限制性内切酶DraI,EcoRI,EcoRV,HindIII
实验步骤:
1.取10µl DNA于0.8% 凝胶检测;
2.将DNA调节浓度至300-400 ng/µl ;
2.仔细阅读将所用的任何一种酶产品说明书,熟悉反应条件及酶切的贮存浓度(10U-50U/µl)厂家配套试剂;
3.计算据反应条件所需要的各种试剂准确用量:(0.5 ml tube中)
DNA(3-5µg) 10µl
10´ buffer reaction 1.5µl
enzyme (15 U/µl) 0.8µl(冰上)
ddH2O 2.7µl
混匀,短暂离心;
4.37℃ 温浴1-2 hrs (纯DNA) 或10 hrs(粗制DNA);
5.加入上样缓冲液终止酶切反应,也可65℃加热10 min使酶变性失活;
6.电泳检测酶切效率:
每个样品取1/10量用琼脂糖电泳检测,制胶及点样方法同上。
结果分析
若水稻DNA呈现均匀连续分布的一片,则酶切效果好,否则需重做;
DNA被切烂:DNA降解,重新提DNA;
DNA切不动:杂质多(多糖,蛋白质,酚类,有机溶剂等),重新纯化;
若是BAC克隆DNA,酶切后应出现多条很清晰的不同大小DNA带。