上海士锋生物关于转录亚型和转录多样性的研究

Genome-wide measurement of tranｓｃｒｉｐｔ isoform diversity using TIF-Seq

单个的RNA分子执行转录的功能。转录的变异会影响到信使RNA的稳定性，正确定位和翻译。有时候这些变异的转录还有可能会产生变短的蛋白质，而这些蛋白质是和正常的转录产生的蛋白质在结构和功能上不一样的。

在这篇文章中，研究人员通过共同确定转录的百万计的RNA分子两端，发现这些变异的转录亚型在重叠的RNA分子存在一个广泛的层。这些转录亚型在RNA分子两端的变化似乎遵循着某种规则，而不是简单的意外，即使在一个单一的酵母细胞中也是一样。超过26个均编码一个蛋白的转录异构体都在在酵母中表达。数百的短编码RNA和剪短的蛋白质都是被替代正常转录RNA的转录异构体所编码，而这样就增加蛋白质多样性。此外，随着转录调控元件的变化，约70%的基因表达成亚型，同时串联基因经常生成重叠甚至双顺反的转录亚型。这种广泛的转录的多样性是通过一个相对简单的真核基因组与有限的拼接生成的。而此次研究结果上的意义在于发现了在单个细胞中进化和转录的多样性。这些数据还表明，当评估基因组的功能的时候，亚型的多样性以及RNA丰度应在纳入被考虑的范围。

Extensive tranｓｃｒｉｐｔional heterogeneity revealed by isoform profiling

Vicent Pelechano, Wu Wei & Lars M. Steinmetz

Tranｓｃｒｉｐｔ function is determined by sequence elements arranged on an individual RNA molecule. Variation in tranｓｃｒｉｐｔs can affect messenger RNA stability, localization and translation1, or produce truncated proteins that differ in localization2 or function3. Given the existence of overlapping, variable tranｓｃｒｉｐｔ isoforms, determining the functional impact of the tranｓｃｒｉｐｔome requires identification of full-length tranｓｃｒｉｐｔs, rather than just the genomic regions that are transcribed4, 5. Here, by jointly determining both tranｓｃｒｉｐｔ ends for millions of RNA molecules, we reveal an extensive layer of isoform diversity previously hidden among overlapping RNA molecules. Variation