siRNAs结合生物芯片的实验设计

siRNA实验的zui终目标是分配基因功能，分析生物学途径，或验证潜在的药物靶标。但在此目标之前，可以实现，siRNA的设计，合成，交付给细胞使用优化的协议，并证明有效。zui后，有必要关联任何诱导的表型变化与击倒的siRNA诱导的程度。
Ambion公司的消声器™预设计> 34000人、小鼠的siRNA，并在NCBI RefSeq数据库大鼠基因消除昂贵和费时的siRNA的设计，合成和测试步骤。同样，Applied Biosystems TaqMan基因表达分析提供了®为> 41000人、小鼠和大鼠基因表达的定量分析，基因实时定量PCR。这些检测可用于测量mRNA敲除的siRNA验证，优化转染，并关联表型击倒的程度由一个特定的siRNA诱导。
监测基因特异性siRNA效应的试验
siRNA发挥作用在mRNA水平。因此，siRNA转染验证和优化目的优选法是一种定量的靶mRNA的水平。一旦这些初步研究完成后，有一个优势，同时测量目标mRNA和相应的蛋白质水平相关的表型变化-监测酶法检测，细胞为基础的检测，基因表达谱，或其他手段-击倒程度的siRNA诱导。
TaqMan基因表达分析的优点
实时荧光定量PCR提供监测RNAi靶mRNA的几个优点。这是几千倍更敏感比北方分析，结果可以得到更迅速（检测只在几个小时内完成），该方法提供了定量结果。当使用Applied Biosystems TaqMan基因表达分析——现成的、预先设计和优化的引物探针集的有效> 21000 > 14000人，小鼠，大鼠4000和>基因的方法不需要优化。这使得实时PCR更容易执行和获得的数据更可重复的信号方差比北方分析。
siRNA的验证
基因沉默实验需要，有效siRNA敲除目的基因的表达。为了证明一个特定的siRNA序列是有效的，siRNA需要在细胞中功能测试和证明，或“验证”，以减少目标mRNA水平的预定量。大量siRNA功能测试设计使用一个特定的siRNA设计算法还需要证明用于设计的siRNA能够准确预测有效siRNA的算法。