Nature：基因组揭示植物如何适应整个世界的环境

       在索尔克生物研究所的科学家们已经确定了表观基因组多样性的模式，表观基因组多样性不仅让植物适应各种环境，而且也有利于作物生产和人类疾病的研究。

此研究发表在3月6日出版的"Nature"杂志上，调查结果显示，除了在世界各地的植物中发现遗传多样性，其表观基因组也与发现它们的环境的不同而不同。根据植物的表观基因组差异也许是使他们能够迅速适应环境。

通过了解植物的表观基因组的改变，科学家也许能够操纵它们用于其他用途，包括生物燃料和创造能耐受胁迫的植物，如干旱。

通过对这些模式进行分析，埃克的团队能够绘制植物的基因组中基因的活性的影响。科学家们知道，甲基化可以灭活的基因，但与DNA突变相比，甲基化模式是可逆的，给植物暂时激活基因的能力。识别表观遗传调控的基因，大大缩小了潜在的候选人对环境的适应。

甲基化沉默，也会发生在人类 - 具有用于治疗癌症，其中一个标志是肿瘤抑制基因的沉默的影响。“如果这些基因被关闭的表观基因组，他们可能会被重新打开，说：”研究的共同*作者马修·舒尔茨，研究生在​​埃克的实验室中去除DNA甲基化。了解如何在野外形成的甲基化变异，将朝着更好的表观基因组工程的帮助。

埃克的研究小组下一步将研究甲基化变化如何影响植物的性状。他们将审查应激诱导的表观变化，他们可能会提供线索的改变是zui重要的植物。

原文摘要：

Patterns of population epigenomic diversity

Robert J. Schmitz,Matthew D. Schultz,Mark A. Urich,Joseph R. Nery,Mattia Pelizzola,Ondrej Libiger,Andrew Alix,Richard B. McCosh,Huaming Chen,Nicholas J. Schork and Joseph R. Ecker

Natural epigenetic variation provides a source for the generation of phenotypic diversity, but to understand its contribution to such diversity, its interaction with genetic variation requires further investigation. Here we report population-wide DNA sequencing of genomes, transcriptomes and methylomes of wild Arabidopsis thaliana accessions. Single cytosine methylation polymorphisms are not linked to genotype. However, the rate of linkage disequilibrium decay amongst differentially methylated regions targeted by RNA-directed DNA methylation is similar to the rate for single nucleotide polymorphisms. Association analyses of these RNA-directed DNA methylation regions with genetic variants identified thousands of methylation quantitative trait loci, which revealed the population estimate of genetically dependent methylation variation. Analysis of invariably methylated transposons and genes across this population indicates that loci targeted by RNA-directed DNA methylation are epigenetically activated in pollen and seeds, which facilitates proper development of these structures.